发布3000份水稻基因组数据，揭示水稻遗传多样性及进化机制
作为目前植物界最大的基因组测序工程，项目组对亚洲栽培稻群体进行了当今最为精细的种群分类，揭示了水稻种内丰富的群体结构和遗传多样性，构建了水稻基因组多样性图谱。
近日，3000株水稻基因组测序文章在GigaScience正式发表，且整套水稻基因序列以可引用形式在该杂志的附属开放获取数据库GigaDB中公开。不同植株间存在自然变异，而了解这些不同性状发生的遗传机制，将有助于成功培育出可高度适应不同环境的杂交品种。
“3000份水稻基因组项目”所产出和公开的大量遗传信息将最终被应用到智能育种实践中。2014年5月，3000份水稻基因组测序数据于世界饥饿日公开发布于NCBI、DDBJ、《GigaScience》、阿里云等数据库，与全球共享。水稻种群的基因有着丰富的多样性和复杂的作用机制，是水稻育种改良的遗传基础。该研究共检测到32M的高质量SNPs和Indels，对亚洲栽培稻群体的结构和分化进行了更为细致和准确的描述和划分，由传统的5个群体增加到9个，分别是东亚的籼稻、南亚的籼稻、东南亚的籼稻、印度次大陆的籼稻、印度次大陆的粳稻、东亚的粳稻、南亚的粳稻、东南亚的粳稻。
| 群体 | 籼稻 | 粳稻 |
|---|---|---|
| 东亚 | 中国 | |
| 南亚 | ||
| 东南亚 | ||
| 印度次大陆 | ||
| 东亚 | 中国 | |
| 南亚 | ||
| 东南亚 |
9月15日，3000份水稻核心种质基因组原始测序数据在湖南长沙首度揭开神秘面纱，并借助“云之稻”项目的实施，无偿向全球提供共享数据和分析平台，为绿色超级稻项目的育种新技术提供信息支持。
据绿色超级稻项目首席科学家、中国农业科学院作物科学研究所黎志康博士介绍，绿色超级稻项目总体目标是培育能够广泛适用于灌溉和雨养地区生态环境，并具有氮磷高效利用、抗病、抗虫、高产、优质、抗逆等特性的水稻新品种，在非洲和亚洲17个国家和进行示范和推广，让2000万稻农从此受益。
华智水稻生物技术有限公司总经理张健分析，当水稻基因组研究碰上“云计算”将会产生极大的魔力，全球水稻专家共享“云之稻”项目的水稻基因组数据，将有助于对3000份水稻基因组序列进行深度开发，加快培育高产、优质、广适性强、抗病性强的新品种培育进程。比如说，刚退出的“两优0293”品种的不足之处就是稻瘟病的抗性比较差，而3000份水稻基因组研究将借助于“云之稻”项目，在3年内，将不仅能找到更多的抗病基因，而且有望让新品种稻瘟病的抗性提高到3级以上，从而培育产量、抗性等相对全面的水稻新品种，促使超级稻品种的适应性更好、更广。
未来的水稻将会怎样育种？也许“3000份水稻基因组”研究项目能告诉我们。 “3000份水稻基因组”研究是由中国主导的国际间科研大协作项目，近日《自然》杂志发表项目组重大成果。项目组成员、论文第一作者、中国农业科学院作物科学研究所副研究员王文生在接受科技日报记者专访时表示，项目建立了基于水稻基因组的亚洲稻群体重测序文章，并初步使用了汉字。
国内“大连系”、“大协作”、“大共享” 2011年9月，中国农业科学院、国际水稻研究所和华大基因合作启动“全球3000份水稻焦点种质资源重测序方案”，旨在通过对全球水稻种质资源进行大规模基因组重测序，揭示水稻基因组多样性和进化机制，为水稻育种和改良提供遗传资源。
完成了发布3000份水稻基因组数据，揭示水稻遗传多样性及进化机制。的讨论，现基因组测序技术正逐渐成为推动农业创新的重要力量。其中，水稻基因组数据的挖掘与应用，为我国农业发展带来了前所未有的机遇。
基因组数据助力品种改良因为水稻基因组数据的不断挖掘和应用，我国水稻育种将迈入一个新的发展阶段。未来，借助基因组测序技术，我们有信心培育出更多适应性强、产量高、品质优的水稻新品种，为我国乃至全球粮食安全作出更大贡献。
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