在龙眼种子育苗的第一步，苗圃地的选择至关重要。理想的苗圃地应具备排水良好、不积水的特点，同时干旱时能进行灌溉。坡度在5至10度的缓坡地或缓平台地是最佳选择。此外，表土层深厚、疏松且肥沃的沙质壤土更是不可或缺。选定苗圃后，需提前进行犁耙，清除石块和杂草，深翻25至30厘米，起畦面宽1至1.2米，高出沟底20厘米左右。起畦后，按30厘米的距离开行，为后续的种植工作奠定基础。

为了培育出健壮的龙眼苗，每亩需使用猪牛栏肥3000至4000千克，或优质的农家肥4000至5000千克，钙镁磷肥100至150千克，石灰100至130千克。将肥料混合堆制发酵，腐烂后均匀撒入畦沟内，并与表土拌搅均匀。科学施用肥料，为龙眼苗提供充足的营养，助力其茁壮成长。

在龙眼种子育苗过程中，种子的处理与催芽同样关键。将龙眼果肉剥去后，不能让种子干燥或晒干，以免失去发芽力。需及时将种子集中，与细沙混匀，轻轻搓擦去种脐上的果肉，然后放入水中漂洗，除去劣种。选取充分成熟、饱满的种子，按1份种子2至3份细沙的比例混合进行催芽。在催芽过程中，温度控制在25℃左右，若温度过高，需淋冷水以防种子失去发芽力。经过3至5天的催芽，胚芽长出1至2厘米后即可播种。

将发芽的种子按20厘米的株距播于已开好行的行沟里，每穴1颗种子。播种后，畦面用木糠或稻草覆盖，防止水分蒸发，保持土壤湿润，促进种子萌芽后迅速生长。一般每亩育苗8000至10000株为宜，6000至7000株更好。太密会影响苗木的增粗和移栽成活率，以及树冠的迅速扩大。